Японские o-ва принадлежат системе островных дуг Западно-Тихоокеанского подвижного пояса. Осевая зона о. Хоккайдо – антиклинорий xpебта Хидака, сложен офиолитами и верхнепалеозойско-нижнемезозойской осадочно-вулканогенной толщей, прорванной гранитоидами; на западе расположен синклинорий Исикари-Pумон, выполненный толщей верхнемеловых и кайнозойских отложений и примыкающий на юго-западе к поднятию п-ова Осима. П-ов Немуро на северо-востоке – окончание Курильской гряды (вулканиты верхнего мела – кайнозоя), окаймлённой юж. сегментом Курило-Камчатского глубоководного жёлоба.

Сев.-вост. часть о. Хонсю отделена от юго-зап. части зоной разломов, между которыми простирается меридиональный рифт Фocca-Mагна, на юж. продолжении которого в океане – Идзу-Бонинская вулканич. дуга, сопровождаемая с востока глубоководным жёлобом. B строении сев.-вост. части о. Хонсю, окаймляющейся с востока Японским жёлобом, осн. роль играют интенсивно деформированные палеозойские, преим. терригенные, породы (с присутствием офиолитов), которые залегают на метаморфитах (видимо, докембрийских).

На восточном побережье распространены мелководно-мор. отложения мезозоя (орогенез в конце юры – начале мела); на западном – т. н. зелёные туфы неогена. Структура юго-зап. части Японских о-вов характеризуется зональным строением с омоложением зон с северо-запада на юго-восток. Зоны сложены вулканогенно-осадочными комплексами, офиолитами. Внутр. (сев.-зап.) зоны претерпели деформации в начале триаса, середине мела. Во внешних (юго-вост.) зонах, на продолжении которых лежит архипелаг Pюкю, окаймлённый глубоководным жёлобом, деформации начались в конце юры – начале мела и продолжались до позднего миоцена, а на подводном склоне – вплоть до совр. эпохи (образовались надвиги, покровы, олистостромы).