Территория Египта расположена в сев.-вост. части докембрийской Африканской платформы, гл. обр. в области распространения фанерозойского платформенного чехла. На востоке и северо-востоке Е. (Аравийская пустыня, юг Синайского п-ова) на поверхность выходят складчатые комплексы и граниты позднепротерозойского Аравийско-Нубийского пояса.
Широко распространены позднерифейские островодужные вулканиты (от базальтов до риолитов), обломочные породы, офиолиты и граниты. Складчатые комплексы прорваны кембрийскими дайками диабазов, кольцевыми плутонами щелочных гранитов. Мощность платформенного чехла возрастает с юга на север, где достигает 6 км и более в области перикратонных погружений фундамента. В сев. части расположена Ливийско-Египетская синеклиза и Северо-Синайская зона складчатых дислокаций платформенного чехла.
На юге распространены верхнепалеозойско-меловые континентальные песчаники (т. н. нубийские песчаники), частично перекрытые верхнемеловыми мергелями и мелом с горизонтами фосфоритов; на севере – эоцен-неогеновые мелководно-морские и лагунно-континентальные отложения (песчаники, глины, известняки, гипс), залегающие на палеозойских и мезозойско-палеоценовых терригенно-карбонатных отложениях. Широко развит покров рыхлых четвертичных отложений: эоловые пески, озёрные и аллювиальные накопления. Впадины Красного м., Суэцкого зал. и зал. Акаба принадлежат Восточно-Африканской рифтовой системе.