Территория Венгрии в целом представляет собой часть области межгорных впадин геологически неоднородного строения, лежащей между Альпийскими, Карпатскими и Динарскими хребтами. По характеру геологического строения на территории Венгрии можно выделить выступы фундамента, их осадочный чехол и отложения впадин. Фундамент территории Венгрии, опущенный местами до 5-7 тысяч метров, сложен палеозойскими и мезозойскими, в южной части — докембрийскими породами. 

Палеозойский этап развития территории Венгрии связан с проявлениями каледонского и варисского тектогенеза, что отразилось в слабом метаморфизме палеозойских пород Малой Венгерской впадины, зоны Балатона, гор Уппонь, Сендрё и Северный Мечек (бретонская и судетская фазы складчатости). Самые древние отложения, содержащие органические остатки (граптолиты), — силурийские сланцы, обнаруженные на севере от озера Балатон. Девонские отложения (доломит, известняки и глинистые сланцы) известны в горах Сендрё и породах фундамента Малой Венгерской впадины. Каменноугольные морские отложения (иногда слабоугленосные) сохранились отдельными пятнами под чехлом; к карбону относят также гранитоиды, выходящие на поверхность в горах Мечек (южная полоса) и Веленце (северная зона) и вскрытые скважинами на Северо-востоке (до г. Кечкемет) и на юго-западе (на юг от озера Балатон). С пермскими отложениями (толща красноцветных песчаников и конгломератов) в горах Мечек связано урановое оруденение.

Во время раннетриасовой морской трансгрессии образовались мелководные, в основном карбонатные, породы; в среднем триасе проявился (кислый) вулканизм; в позднем триасе происходило накопление мощной (несколько тысяч метров) толщи известняков и доломитов. В начале юры в Задунайском среднегорье в условиях мелководного моря отлагались красноцветные известняки, в горах Мечек — терригенные породы, содержащие месторождения угля.

В раннем мелу в различных структурных зонах происходила дифференциация процессов осадконакопления, а в Мечекской зоне начался щелочной (основной) вулканизм. В среднем мелу произошли складчатые и надвиговые дислокации. В Задунайском среднегорье в среднем и позднем мелу, а также в среднем эоцене с трансгрессиями и регрессиями моря связано образование бокситов и формирование залежей бурых углей; верхнемеловые рифовые известняки — коллекторы углеводородов. К северо-западу от Средневенгерского разлома в позднем эоцене проявился мощный вулканизм известково-щелочного андезито-дацитового состава, с которым связано различное рудообразование. В Задунайском среднегорье в конце эоцена — начале олигоцена происходило накопление морских и континентальных моласс.

 В позднемиоценовое время формируются наложенные впадины, в которых накапливались толщи тонко- и в меньшей степени грубообломочных осадков мощностью до 2-3 тысячи метров. В плиоцене отдельные впадины сливаются в единую крупную Паннонскую впадину, заполнявшуюся озёрными, в четвертичный период — аллювиальными осадками большой мощности. С плиоценовыми отложениями связано большое количество залежей лигнитов, нефти и газа.

Окаменелый лес в Венгрии