Территория Индонезии в основном расположена в юго-вост. части Бирмано-Зондской складчатой системы Альпийско-Гималайского подвижного пояса, развивающейся на активной окраине Юго-Вост. Азии, на её границе с Индийским ок. Во внешней части складчатой системы выделяют вулканич. и невулканич. островные дуги (разделены междуговыми прогибами), формирующиеся над зоной субдукции (поддвига) литосферы океана под юго-вост. окраину Азии. В зап. сегменте складчатой системы (к западу от Зондского прол.) к невулканич. дуге относят о-ва Ментавай, сложенные гл. обр. флишевыми толщами верхнего мела – палеогена, смятыми в складки и нарушенными надвигами.

Вулканич. дуга в этом сегменте представлена вулканоплутонич. поясом (цепь андезитовых стратовулканов и интрузий гранитоидов) хребта Барисан на о. Суматра. Пояс пересечён сейсмоактивным разломом (т. н. Гл. Суматринским сдвигом); в сев. части Суматры протягивается олигоцен-четвертичный молассовый прогиб, в пределах которого распространены глиняные диапиры. В вост. сегменте складчатой системы невулканич. дугу образуют о-ва Саву, о. Роти, о. Тимор, о-ва Лети, Бабар, Танимбар, о. Серам, о. Буру и др., сложенные гл. обр. осадочными толщами (пермскими, мезозойскими и кайнозойскими) покровно-надвигового строения; широко развиты олистостромы и меланж (преим. серпентинитовый).

Неоген-четвертичная вулканич. дуга протягивается через территории о. Ява, о. Бали, о. Ломбок, о. Сумбава, о. Флорес, о-вов Барат-Дая, Банда и др. В вост. части о. Сулавеси, пересечённого сейсмоактивным разломом (сдвигом), широко распространены складчатые мезокайнозойские комплексы, перекрытые неогеновой молассой; зап. и сев. часть острова представляет собой кайнозойскую вулканич. дугу. Б. ч. территории И. на о. Калимантан (блок Шванер) сложена кристаллич. сланцами, перекрытыми верхнепалеозойскими и юрско-меловыми терригенными, карбонатными и вулканогенными породами; юго-вост. блок (хребет Мератус), отделённый от блока Шванер неогеновым молассовым прогибом, относится к области мезозойской складчатости и образован гл. обр. серпентинитовым меланжем.

На о. Новая Гвинея с юга на север выделяют: фрагмент докембрийской Австралийской платформы, область домезозойской складчатости, вовлечённую в альпийские деформации (горы Судирман, Джаявиджая); альпийскую складчатую зону и кайнозойский вулканич. пояс (горы Ван-Рес).

Территория И. расположена в одной из наиболее сейсмически активных зон Земли; подвержена цунами. Геодинамич. нестабильность региона связана с процессами, происходящими на активной окраине Юго-Вост.