Кальци́т (известковый шпат) — минерал из класса природных карбонатов, одна из природных форм карбоната кальция (CaCO3). Широко распространён в земной коре:
породообразующий минерал — известняки, мел, мергель, карбонатит. Самый распространённый биоминерал — основной состав раковин (и эндоскелета) многих беспозвоночных животных, известковых водорослей и костей.
Имеет полиморфные модификации — арагонит, фатерит и другие.
В чистом виде кальцит белый или бесцветный, прозрачный (исландский шпат) или просвечивающий, — в зависимости от степени совершенства кристаллической структуры. Примеси окрашивают его в разные цвета. Ni окрашивает в зелёный; кобальтовые, марганцевые кальциты — розовые. Тонкодисперсный пирит окрашивает в синеватый и зеленоватый цвет. Кальцит с примесью железа — желтоватый, буроватый, красно-коричневый; с примесью хлорита — зелёный. Углистое вещество часто придает кальциту неравномерную чёрную окраску.
Кальцит слагает горную породу мрамор, является главной составной частью известняков. Нередко образует псевдоморфозы по органическим остаткам, замещает раковины древних моллюсков и кораллы («окаменелости»).
Кальцит в окаменелом дереве можно обнаружить в случае, когда образованные полости в древесине при петрификации заполнялись агатом, кварцем и кальцитом.

Кристаллы кальцита в окаменелом стебле археоптерисов (Arhaeopteris). Вологодская обл, Россия

Фрагмент поперечного среза покрытосеменного (Магнолиофиты, сем.Рутовые) окаменелого дерева в "рубашке" из ископаемых водорослей с кальцитом в агате (фото вверху). Деревья, по неизвестным причинам, иногда при жизни, оказывались в неглубоких, насыщенных водорослями озерах. Там стволы покрывались рубашкой из водорослей. Затем деревья оказывались на суше и высыхали. При этом древесина сжималась и между водорослевой рубашкой и стволом образовывалась полость, которая заполнялась агатом, кварцем и кальцитом из-за просачивания через внешнюю оболочку насыщенных кремнием и другими минералами растворов.

Срез окаменелого дерева с кальцитом из месторождения Eden Valley (США) возрастом около 50 млн.лет
На Кавказе встречаются находки карбонатизированного дерева в кальцитовой "рубашке" медового цвета как на фото внизу.

Срез ископаемого дерева из меловых слоев Северо-Западного Кавказа (Краснодарский край, Россия).
В подобных образцах кристаллы кальцита снаружи нарастаю на внешней стороне окаменелого дерева (фото внизу).

Фрагмент внешнего слоя окаменелого дерева с кристалами кальцита (Мезозойский период) Краснодарский край, Россия
Если дерево еще при жизни было поражено грибками плесени, тогда при фоссилизации соли насыщенные карбонатным раствором проникают внутрь окаменелого дерева и происходит растекание (заполнение) кальцитом в виде цветочных узоров, как на фото внизу.

Срез окаменелого дерева карбонатного минерального состава (Адыгея, Россия) мелового периода.

Увеличенный фрагмент центра образца с пропиткой кальцитом ископаемой древесины.