Халцедон (SiO2) — полупрозрачный минерал, скрытокристаллическая тонковолокнистая разновидность кварца. Полупрозрачен или просвечивает в краях, цвет самый разный, чаще от белого до медово-жёлтого. Образует сферолиты, сферолитовые корки, псевдосталактиты или сплошные массивные образования. Твёрдость 6,5—7. Имеет много разновидностей, окрашенных в различные цвета: красноватый (сердолик или карнеол), красновато-коричневый (сардер), зеленоватый (хризопраз), голубоватый (сапфирин), непрозрачный тёмно-зелёный с ярко-красными пятнами или полосами (гелиотроп) и другие.

Включения голубого халцедона в окаменелом дереве. Ростовская обл, Россия
Когда опавшие деревья периодически оказывались под затем разрушавшимся слоем осадочных пород, содержащим вулканический пепел, как это произошло в триасовом периоде на территории современного национального парка в Аризоне (США). Органическая материя (древесина) в процессе петрификации постепенно замещалась диоксидом кремния. Примесь оксидов железа придала окаменелым деревьям красную и оранжевую окраску.
Большая часть окаменевших деревьев сохранили свою общую форму, но потеряли клеточную структуру.

Срез окаменелого дерева Araucarioxylon arizonicum замещенного халцедоном. Аризона (США)
Наличие тех или иных примесей химических элементов, таких как железо, марганец, медь, в воде (грязи) во время петрификации (процесса окаменения) придает создающемуся окаменелому дереву ту или иную окраску из довольно широкого диапазона цветов:
углерод — чёрная
кобальт — зелёная/синяя
хром — зелёная/синяя
медь — зелёная/синяя
оксид железа — красная, коричневая, жёлтая
марганец — розовая/оранжевая
оксид марганца — чёрная/жёлтая

Цветовая гамма в окаменелом дереве. Аризона (США)

Прозрачный халцедон в сердцевине Кордаита. Самарская обл, Россия

Натечный халцедон (синего цвета) на окаменелом дереве. Татарстан. Россия

Оттенки халцедона желтого цвета в окаменелом дереве. Крым. Россия


Халцедон заполнил пустоты в окаменелом дереве. Челябинская обл. Россия
Довольно часто встречаются в окаменелом дереве халцедоновые ходы древоточцев семейства Тередо. Пустоты от деятельностью морскими древоточцами заполнены прозрачным натечным халцедоном в виде маленьких сталактитов.

Ходы древоточцев в окаменелом дереве. Палеоген (40 млн.лет) Ростовская обл., Россия